Joutsenten reitti ry ja Pirkanmaan TE-keskus ovat päässeet yksimielisyyteen rahoituskiistassaan. TE-keskuksen toimittaman muistion mukaan "TE-keskuksen niukat henkilöresurssit hidastivat rahoitushakemusten käsittelyä lähes koko ohjelmakauden. Tästä johtuen vuosittain toimintaryhmien puoltovaltuudeksi siirretty määräraha ei tullut sidotuksi täysimääräisesti kaikkina ohjelman toteuttamisvuosina". Vuoden lopussa maa- ja metsätalousministeriö nollasi käyttämättä jääneen määrärahan. Tästä huolimatta raha laskettiin mukaan Joutsenten reitin kokonaisrahoituskehykseen, minkä vuoksi TE-keskuksen seuranta osoitti yli 200 000 euroa suurempaa puoltovaltuutta kuin todellisuudessa voitiin hankkeisiin sitoa.
Lopulta Joutsenten reitti ja TE-keskus keskustelivat täysin eri luvuista ja keskinäinen luottamus katosi. TE-keskus kompensoi menetettyjä varoja kahdella puoltovaltuuden lisäyksellä, jolloin todellisuudessa päästiin lähelle Joutsenten reitin ja TE-keskuksen aiesopimuksen lukuja. TE-keskuksen seurannan mukaan Euroopan unionin ja valtion 2,2 miljoonan euron kokonaispotista on jäänyt saamatta 27 000 euroa, mikä johtuu EU-osuuksien ennenaikaisesta loppumisesta.
Parhaillaan selvitellään Joutsenten reitin puoltamien, mutta ilman rahoitusta jääneiden hankkeiden kustannusten korvaamista. Punkalaitumen kunta on jättänyt valituksen vastaanottokeskuksen Työ kohtaa tekijänsä -hankkeen hylkäämisestä.
