Suomen Akatemian biotieteiden ja ympäristön tutkimuksen toimikunta on myöntänyt filosofian tohtori, projektipäällikkö Anne-Mari Ventelän johtamalle Rehevöityneiden järvien toipumisen kokonaisvaltainen analyysi -tutkimushankkeelle 305 050 euron rahoituksen vuosille 2004-2006.
Hankkeen keskeinen ajatus on kansainvälisen järvikunnostustiedon ja muilta järviltä saadun tiedon mahdollisimman tehokas hyödyntäminen. Hankkeen aikana Säkylän, Euran ja Yläneen kunnan alueella sijaitsevan Pyhäjärven tilaa ja tulevaisuutta selvittää tutkijaryhmä, jonka jäsenet ovat oman alansa johtavia asiantuntijoita. Hankkeen toteutuspaikka on Pyhäjärvi-instituutti Eurassa. Muita osallistuja- ja yhteistyötahoja ovat Geologian tutkimuskeskus, Turun yliopisto, Pennsylvanian yliopisto (USA), Tanskan ympäristötutkimus-instituutti, Wisconsinin yliopisto (USA), ja Lounais-Suomen ympäristökeskus. Kansainväliset tutkijat viettävät erimittaisia ajanjaksoja käytännön tutkimustyössä Suomessa. Hankkeen aikana järjestetään kolme kansainvälistä tutkijatapaamista.
Suomen Akatemian myöntämä rahoitus tuo arvokkaita lisäresursseja Pyhäjärven suojelutyölle ja tutkimukselle. Järven suojelutyöhön käytetään tällä hetkellä noin 600 000 euroa vuodessa. Pyhäjärven suojelurahaston jäsenten suojelutyölle varaamat paikalliset resurssit voidaan edelleen tehokkaasti kohdentaa käytännön suojelutoimien toteuttamiseen. Uusi tutkimushanke tukee jo käynnissä olevia muita hankkeita ja tällä hetkellä tehtävää tutkimusta. Osaltaan se tukee myös vireillä olevaa Satakunnan järvikeskus -hanketta. Suomen Akatemian rahoituksesta valtaosa kohdistuu yliopistoissa tehtävään tutkimukseen ja Pyhäjärvi-instituutin kaltaisen pienen yksikön saama tutkimusmääräraha on harvinainen.
